倒置顯微鏡是物鏡和照明系統位置顛倒的顯微鏡，主要是為了適應生物學等領域中液基顯微觀察需要而設計。

在細胞培養、組織培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等應用中，被檢物通常在培養皿或培養瓶等容器的溶液中，這就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡要采用長工作距離設計，以便不接觸容器就能觀察和研究貼著容器內壁或者懸浮在溶液中的被檢物。

區別1：外觀區別

  正置顯微鏡的物鏡在載物臺上方，透射光源在下方；而倒置顯微鏡物鏡在載物臺下方，透射光源在上方，從外觀上可以很容易區分兩者。

區別2：物鏡光學校正不同

  正置顯微鏡的物鏡是為很薄的蓋玻片校準的，鏡身相關標記是0.17之類很低的數值；倒置顯微鏡是為較厚的載玻片、培養皿底部校正的，鏡身相關標記會是1以上的數值。兩者物鏡因此無法通用，可以據此區分正置顯微鏡和倒置顯微鏡。

區別3：物鏡工作距離不同

  倒置顯微鏡通常用于觀察溶液中的被檢物，如培養液中的細胞，為了對焦溶液中的懸浮物，倒置顯微鏡的物鏡工作距離會比正置的大。

區別4：放大倍率差異

  正置顯微鏡可以選擇100X物鏡，搭配10X目鏡實現1000X高放大倍率；倒置顯微鏡的常見物鏡最大放大倍率只有60X，這是因為在100X時物鏡幾乎是貼著樣品的，這個工作距離已經小于容器底部厚度，也就是說在對焦成功前物鏡就已經撞上容器底部了，根本不可能對焦。

  例外的是倒置金相顯微鏡，可能會有長工作距離的100X物鏡，工作距離可以到3mm左右，但并不常用，因為這種100X物鏡數值孔徑只有0.8左右，比正置100X物鏡約1.3的數值孔徑顯著低，因此分辨率其實并不理想。

區別5：倒置標配相襯觀察

  倒置顯微鏡常用于無色透明的活細胞觀察，因此標配相襯環和相襯物鏡以實現相襯觀察，通常會有4X、10X、20X和40X四種放大倍率，還會有相襯物鏡。正置顯微鏡要做相襯觀察的話需要特殊的聚光鏡配件，因此相襯的正置顯微鏡并不常見，而且標配物鏡不包含相襯物鏡。

區別6：樣品高度限制小

  倒置顯微鏡的聚光鏡采用長工作距離設計，部分還可以額外加高，以適應更高的樣品，比如MI52-CF加高了聚光燈，可放下10層細胞工廠。

  另外部分倒置顯微鏡還可能取消上光源，以解除樣品高度限制，比如KMM-300金相顯微鏡，采用倒置的反射照明，沒有上光源，可以很方便地直接放置觀察大尺寸的金屬材料樣品，減少制樣的麻煩。